Ξεκίνησε την προπονητική ο Γιώργος Δώνης το 2002 στον Ηλυσιακό, τον οποίο ανέβασε από τη Δ΄ στη Β΄ Εθνική κατηγορία σε δυο χρόνια. Στις 24 Απριλίου 2008 ανακοίνωσε την αποχώρησή του από την τεχνική ηγεσία της ΑΕΛ κάνοντας το μεγάλο άλμα στην καριέρα του αναλαμβάνοντας την ομάδα της ΑΕΚ, όμως η παρουσία του εκεί υπήρξε σύντομη καθώς αποχώρησε τον Νοέμβριο του 2008. Τον Απρίλιο του 2009 ανέλαβε τον Ατρόμητο Αθηνών, με τον οποίο έφτασε σε έναν ακόμη τελικό κυπέλλου Ελλάδας την περίοδο 2010-11, όπου και ηττήθηκε από την πρώην ομάδα του, την ΑΕΚ με σκορ 3-0. Το καλοκαίρι του 2012 ανέλαβε την τεχνική ηγεσία του ΠΑΟΚ, ενώ από τον Οκτώβριο του 2013 μέχρι τον Ιανουάριο του 2015 υπήρξε ο προπονητής του ΑΠΟΕΛ, με τον οποίο κατέκτησε το κυπριακό πρωτάθλημα της περιόδου 2013-14, ενώ εξασφάλισε και την είσοδο στους ομίλους του Champions League της περιόδου 2014-15. Τον Φεβρουάριο του 2015 έγινε γνωστό ότι συμφώνησε να αναλάβει την Αλ Χιλάλ από τη Σαουδική Αραβία, σύλλογο από τον οποίο αποχώρησε τον Μάιο του 2016, με απολογισμό 45 νίκες σε 66 αγώνες και την κατάκτηση τριών τίτλων, του Κυπέλλου (Kings Cup), του Σούπερ Καπ και του επονομαζόμενου Κυπέλλου Διαδόχου (Crown Prince Cup). Μερικούς μήνες αργότερα, τον Ιούλιο του ίδιου έτους, ήρθε σε συμφωνία με την Αλ Σαρτζά από τα Ηνωμένα Αραβικά Εμιράτα, όπου παρέμεινε μέχρι τον Ιανουάριο του 2017.[13] Στις 28 Ιουλίου 2017, ανέλαβε για δεύτερη φορά, προπονητής του ΑΠΟΕΛ, επιστρέφοντας στον σύλλογο μετά από δύο χρόνια. Στις 3 Ιουλίου 2018, ο Γιώργος Δώνης ανέλαβε τον πάγκο του Παναθηναϊκού, όπου βρίσκεται μέχρι σήμερα.
Η δήλωση του Γιώργου Δώνη στις 24 Απριλίου 2008
Θα ήθελα να ανακοινώσω ότι εγώ και οι συνεργάτες μου, Μάκης Αγγελίνας, Γρηγόρης Γεωργίτσας και Μίοντραγκ Μένταν, θα αποχωρήσουμε από την ομάδα στο τέλος της σεζόν. Θέλω να ευχαριστήσω τον κο Κώστα Πηλαδάκη και τον κο Κώστα Κωνστάντο για την άψογη συνεργασία των τελευταίων έξι ετών. Θέλω να ευχαριστήσω το Νίκο Λυράκη για την προσφορά και βοήθειά του στην εξέλιξή μου. Θέλω να ευχαριστήσω τους ποδοσφαιριστές μας για τις χαρές που μας προσέφεραν και το ήθος που επέδειξαν. Θέλω να ευχαριστήσω όλους τους φιλάθλους της ΑΕΛ, όπως επίσης και τους οργανωμένους, για τη στήριξη προς την ομάδα και το πρόσωπό μου.
Θέλω να ευχαριστήσω όλο το προσωπικό της ομάδας για την αρμονική συνεργασία. Θέλω να ευχαριστήσω τους εκπροσώπους του Τύπου για την επικοινωνία που είχαμε όλα αυτά τα χρόνια. Η ΑΕΛ και η Λάρισα θα αποτελούν πάντα ένα ζωντανό κομμάτι στην καρδιά μου".
Η ανακοίνωση της Superleague για το 2008
Μετά από τέσσερα χρόνια στον πάγκο της, τα τρία στη μεγάλη κατηγορία, ο Γιώργος Δώνης αποχωρεί από την ΑΕΛ, έχοντας συμφωνήσει να αναλάβει την ΑΕΚ. Στα χρόνια αυτή η ΑΕΛ τερμάτισε 8η, 10η και 6η, χάνοντας στην τελευταία σεζόν τη συμμετοχή στα πλέι οφ στην ισοβαθμία από τον Πανιώνιο.
