Στην 1η φάση, η οποία θα ξεκινήσει 30 Αυγούστου θα λάβουν όσες ομάδες της Football League καταθέσουν δήλωση συμμετοχής, ώστε να προκύψουν οι 16 που θα περάσουν στη 2η. Αυτό σημαίνει ότι αν η δεύτερη τη τάξει κατηγορία διεξαχθεί με 18 ομάδες, τότε η 1η φάση θα περιλαμβάνει δύο ζευγάρια και οι υπόλοιπες 14 θα περάσουν χωρίς αγώνα.
Στη 2η φάση θα μπουν στην κληρωτίδα οι 16 της Super League και οι 16 της Football League. Οι 32 ομάδες θα συγκροτήσουν οκτώ ομίλους (ο κάθε όμιλος θα έχει 4 ομάδες) που θα αποτελούνται από δύο ΠΑΕ της Super League και 2 της Football League.
H κλήρωση θα γίνει ως εξής:
Στην πρώτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι ομάδες της Super League που κατατάχτηκαν στη λήξη της κανονικής περιόδου του πρωταθλήματος 2015-2016 στις θέσεις ένα έως οχτώ (1 έως 8 της βαθμολογίας. Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό ένα (1).
Στη δεύτερη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι ομάδες της Super League που κατατάχτηκαν στη λήξη της κανονικής περιόδου του πρωταθλήματος 2015-2016 στις θέσεις εννιά έως δεκατέσσερα (9 έως 14) και οι δύο (2) ομάδες που προβιβάστηκαν από τη Football League. Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό δύο (2) Στην τρίτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οχτώ (8) ομάδες της Β' Εθνικής, όπως θα προκύψουν από τη δημόσια κλήρωση. Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό τρία (3). Στην τέταρτη κληρωτίδα θα τοποθετηθούν οι υπόλοιπες οχτώ (8) ομάδες της Football League. Οι ομάδες αυτές θα πάρουν τον αριθμό τέσσερα (4).
Οι οχτώ (8) όμιλοι θα συγκροτηθούν με μία ομάδα από κάθε μία από τις τέσσερις κατηγορίες που θα τοποθετείται σε όμιλο κατόπιν κλήρωσης. Η συγκρότηση θα ξεκινήσει από την τέταρτη κατηγορία και θα ολοκληρωθεί, με τις ομάδες της πρώτης κατηγορίας.
Στη 2η φάση οι ομάδες της Super League θα δώσουν 2 εκτός έδρας αγώνες και 1 εντός και οι ΠΑΕ της Football League 2 εντός και 1 εκτός ως ακολούθως:
1η αγωνιστική: 1Χ2, 4Χ3
2η αγωνιστική: 3Χ1, 2Χ4
3η αγωνιστική: 3Χ2, 4Χ1.
Προκρίνονται στην επόμενη φάση οι δύο πρώτες ομάδες της τελικής κατάταξης κάθε ομίλου.
3η φάση
Θα λάβουν μέρος οι δέκα εξι (16) ομάδες που θα προκριθούν από τους αγώνες της 2ης Φάσης Θα διεξαχθούν οκτώ (8) διπλοί αγώνες (εντός και εκτός έδρας). Από τις δέκα έξι (16) ομάδες που προκρίθηκαν από τη 2η φάση οι οχτώ (8) ομάδες, που κατέλαβαν την πρώτη θέση στον όμιλό τους, θα συγκροτήσουν το πρώτο γκρουπ δυναμικότητας και οι υπόλοιπες οχτώ (8) ομάδες θα συγκροτήσουν το δεύτερο γκρουπ δυναμικότητας. Κάθε μία ομάδα από το πρώτο γκρουπ θα κληρωθεί με μια ομάδα από το δεύτερο γκρουπ. Γηπεδούχοι στον πρώτο αγώνα θα είναι οι ομάδες του δεύτερου γκρουπ δυναμικότητας και οι επαναληπτικοί αγώνες θα διεξαχθούν στις έδρες των ομάδων του πρώτου γκρουπ δυναμικότητας.
Ομάδες που προκρίθηκαν από τον ίδιο όμιλο της 2ης φάσης δεν θα αγωνιστούν μεταξύ τους. Η διαδικασία της κλήρωσης θα διαμορφωθεί αναλόγως.
Οι οχτώ (8) νικήτριες ομάδες θα προκριθούν στην επόμενη φάση.
4η φάση
Θα λάβουν μέρος οι οκτώ (8) νικήτριες ομάδες που θα αναδειχθούν από τους αγώνες της 3ης Φάσης. Θα διεξαχθούν τέσσερις (4) διπλοί αγώνες (εντός και εκτός έδρας) χωρίς περιορισμούς στην κλήρωση. Οι τέσσερις (4) νικήτριες ομάδες θα προκριθούν στην επόμενη φάση.
5η φάση
Θα λάβουν μέρος τέσσερις (4) νικήτριες ομάδες που θα αναδειχθούν από τους αγώνες της 4ης Φάσης. Θα διεξαχθούν δύο (2) διπλοί αγώνες (εντός και εκτός έδρας), χωρίς περιορισμούς στην κλήρωση. Οι δύο (2) νικήτριες ομάδες θα προκριθούν για τον Τελικό Αγώνα. Ταυτόχρονα με την κλήρωση της 5ης φάσης θα διεξαχθεί και η κλήρωση για την τυπικά γηπεδούχο ομάδα στον Τελικό Αγώνα.
Σε ό,τι αφορά, τέλος, στη συμμετοχή ποδοσφαιριστών, υποχρεωτική είναι η αναγραφή στο φύλλο αγώνα, στη 18άδα δύο ποδοσφαιριστών ηλικίας κάτω των 20 ετών. Για τον υπολογισμό της ηλικίας θα λαμβάνεται υπόψη η 1η Ιανουαρίου του έτους γεννήσεώς τους. Για την αγωνιστική περίοδο 2016-17 εντάσσονται στην κατηγορία αυτή οι γεννηθέντες από 01/01/97 και εντεύθεν.
ΗΜΕΡΟΜΗΝΙΕΣ ΑΓΩΝΩΝ
1Η ΦΑΣΗ
1η αγωνιστική: 30-31/08/16 και 01/09/16
2η αγωνιστική: 06-08/09/16
2Η ΦΑΣΗ
1η αγωνιστική: 20-22/09/16
2η αγωνιστική: 25-27/10/16
3η αγωνιστική: 29-30/11/16 και 01/12/16
3Η ΦΑΣΗ
1η αγωνιστική: 13-15/12/16
2η αγωνιστική: 10-12/01/17
4Η ΦΑΣΗ
1η αγωνιστική: 24-26/01/17
2η αγωνιστική: 07-09/02/17
5Η ΦΑΣΗ
1η αγωνιστική: 28/02/17 και 01-02/03/17
2η αγωνιστική: 04-06/04/17
ΤΕΛΙΚΟΣ 06/05/2017
