Ηγουμενίτσας εκτός έδρας θα αντιμετωπίσει η ΑΕΛ στην πρώτη φάση του Κυπέλλου Γ' Εθνικής, που θα πραγματοποιηθεί την Κυριακή 15 Σεπτεμβρίου 2012. Σε περίπτωση νίκης, στη δεύτερη αγωνιστική (13/10) η ΑΕΛ θα αντιμετωπίσει εκτός έδρας και πάλι το νικητή της αναμέτρησης Τηλυκράτης Λευκάδας-Δόξα Πενταλόφου, ενώ στην 3η (17/11) τον νικητή των ζευγαριών Εθνικός Φιλιππιάδας-Πυρσός Γρεβενών και Άγιος Θωμάς Πρέβεζας-Οικονόμος Τσαριτσάνης. Ο τελικός του ομίλου θα διεξαχθεί στις 15 Δεκεμβρίου 2013. Εφόσον προχωρήσει στη διοργάνωση μπορεί να βρεθεί αντιμέτωπη με την ΑΕΚ, μόνο στην ημιτελική φάση και όχι στον τελικό.
Αναλυτικά Α' φάση 2 ομίλου
1) Κάστορας-Καμπανιακός
2) Ολυμπος Κέρκυρας-Οδυσσέας Κορδελιού
3) Εθνικός Φιλιππιάδας-Πυρσός Γρεβενών
4) Θεσπρωτός-ΑΕΛ
5) Καστοριά-Δόξα Κρανούλας
6) Πρέβεζα-Οικονόμος Τσαριτσάνης
7) Τηλυκράτης-Δόξα Πενταλόφου
8) Κοζάνη-Κεραυνός Θεσπρωτικού
Β' φάση
2-8 (9)
3-6 (10)
1-5 (11)
7-4 (12)
Γ' Φάση
9-11 (13)
10-12 (14)
Δ' Φάση
14-13
*Στη συνέχεια οι 6 πρώτοι από κάθε όμιλο, καθώς και οι φιναλίστ του 1ου και του 2ου ομίλου, θα διεκδικήσουν στη συνέχεια το τρόπαιο του νέου θεσμού της ΕΠΟ.
1ος ΟΜΙΛΟΣ
Μακεδονικός - ΠΑΟ Κοσμίου
Πανσερραϊκός - Κιλκισιακός
Ορφέας Ελευθερούπολης - Ηρακλής Αμπελοκήπων
Βυζάντιο Κοκκινοχώματος - Διγενής Λακκώματος
Δόξα Πετρούσας - Εθνικός Αγιονερίου
Εβρος Σουφλίου - Αρης Ακροποτάμου
Αγροτικός Αστέρας - Νέστος Χρυσούπολης
Εθνικός Σιδηροκάστρου - Μουδανιά
2ος ΟΜΙΛΟΣ
Κάστορας - Καμπανιακός
Ολυμπος Κέρκυρας - Οδυσσέας Κορδελιού
Εθνικός Φιλιππιάδας - Πυρσός Γρεβενών
Θεσπρωτός - ΑΕΛ
Καστοριά - Δόξα Κρανούλας
Πρέβεζα - Οικονόμος Τσαριτσάνης
Τηλυκράτης - Δόξα Πενταλόφου
Κοζάνη - Κεραυνός Θεσπρωτικού
3ος ΟΜΙΛΟΣ
Αχιλλέας Δομοκού - Χαλκίδα
Λαμία - Αχιλλέας Νεοκαισάρειας
Λευκάδια - Μακροχώρι
ΑΟ Καρδίτσας - Ρήγας Φεραίος
Τρίκαλα - Πυργετός
Αμπελωνιακός - Δωτιέας Αγιάς
Μαχητής Τερψιθέας - Νάουσα
Η Κύμη περνά χωρίς αγώνα
4ος ΟΜΙΛΟΣ
ΠΑΟ Βάρδας - Παναργειακός
Αρης Αιτωλικού - Καλαμάτα
Μεσσηνιακός - Κόρινθος
Παναρκαδικός - ΠΦΟ Πανόπουλου
Αχαϊκή - ΑΕ Μεσολογγίου
Δόξα Νέας Μανωλάδας - Εθνικός Σαγέικων
Ατρόμητος Λάππα - ΑΕ Ερμιονίδας
Πανναυπλιακός - ΑΕ Καραϊσκάκης
5ος ΟΜΙΛΟΣ
Εθνικός Αστέρας - Ατσαλένιος
Πανελευσινιακός - Προοδευτική
Νέα Ιωνία - Γιούχτας
Κισσαμικός - Πεύκη
Ατρόμητος Πειραιά - Ολυμπιακός Λαυρίου
Μύκονος - Ρούβας
Τράχωνες - Δόξα Βύρωνα
Ο Ιωνικός περνά χωρίς αγώνα
6ος ΟΜΙΛΟΣ
Ηρόδοτος - Κηφισιά
Ερμής Ζωνιανών - Μανδραϊκός
Πανναξιακός - Αστέρας Βάρης
Αγιος Νικόλαος - ΠΑΟ Κρουσσώνα
ΑΟ Περιστερίου - Θύελλα Ραφήνας
Αιγάλεω - Τριγλία
Ηλυσιακός - Περαμαϊκός
Η ΑΕΚ περνά χωρίς αγώνα
