Στις 17 Μαΐου του 1964 μετά την τελευταία συνέλευση των σωματείων του νομού ιδρύεται η Αθλητική Ένωση Λάρισας από την συγχώνευση του Λαρισαϊκού, του Ηρακλή, του Άρη και του Τοξότη. Στις 22 Μαΐου του 1964 αποφασίζεται οριστικά ότι τα χρώματα της Α.Ε.Λ. θα είναι το βυσσινί και το άσπρο και όχι το άσπρο και το μαύρο όπως είχε αρχικά αποφασιστεί.Την αγωνιστική περίοδο 1964-65 η Α.Ε.Λ. αγωνίζεται στη Β’ Εθνική και τερματίζει στην 5η θέση 64 βαθμούς. Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά για να αποκλειστεί στη συνέχεια από τον Α’ γύρο.
Την αγωνιστική περίοδο 1965-66 η Α.Ε.Λ. τερματίζει στη 3η θέση του πρωταθλήματος της Β’ Εθνικής ισοβαθμώντας με 69 βαθμούς με τον Πανελευσινιακό. Στο κύπελλο απογοητεύει καθώς αποκλείεται από τα τοπικά προκριματικά.
Την αγωνιστική περίοδο 1966-67 τερματίζει στη 10η θέση του πρωταθλήματος της Β’ Εθνικής με 62 βαθμούς. Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά και αποκλείεται στον επόμενο γύρο.
Την αγωνιστική περίοδο 1967-68 τερματίζει στη 14η θέση με 55 βαθμούς. Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά και αποκλείεται στον επόμενο γύρο.
Την αγωνιστική περίοδο 1968-69 τερματίζει στη 17η θέση με 60 βαθμούς. Με αναδιάρθρωση της Β’ Εθνικής και αύξηση των δύο ομίλων σε τρεις, η λαρισινή ομάδα διατηρείται στην κατηγορία. Στο κύπελλο αποκλείεται ήδη από τα τοπικά προκριματικά.
Την περίοδο 1969-70 τερματίζει στη 13η θέση με 63 βαθμούς. Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά για να αποκλειστεί όμως στον επόμενο γύρο.
Την περίοδο 1970-71 τερματίζει σαφώς ενισχυμένη στην 4η θέση με 79 βαθμούς. Στο κύπελλο περνά τα τοπικά προκριματικά για να αποκλειστεί στον επόμενο γύρο.
Την περίοδο 1971-72 τερματίζει στη 2η θέση με 96 βαθμούς χάνοντας την άνοδο την τελευταία στιγμή. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον Α’ γύρο. Από την περίοδο αυτή συμμετέχουν στο κύπελλο μόνο οι επαγγελματικές ομάδες Α’ Β’ και Γ’ εθνικής.
Την περίοδο 1972-73 τερματίζει στην 1η θέση με 98 βαθμούς(μία θέση που κατείχε από την 6η αγωνιστική ως το τέλος) και κερδίζει για πρώτη φορά στην ιστορία της την άνοδο στην Α’ εθνική κατηγορία. Στο κύπελλο αποκλείεται ξανά από τον πρώτο γύρο.
Την περίοδο 1973-74, στην παρθενική της συμμετοχή στο πρωτάθλημα της Α’ εθνικής, τερματίζει στην 9η θέση με 32 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται τελικά στον γ’ γύρο.
Την περίοδο 1974-75 τερματίζει 18η (τελευταία) με 17 βαθμούς και υποβιβάζεται ξανά στην Β’ εθνική. Στο κύπελλο αποκλείεται στον α’ γύρο.
Την περίοδο 1975-76, ξανά στο πρωτάθλημα της Β’ εθνικής, τερματίζει 5η με 42 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται στον γ’ γύρο.
Την περίοδο 1976-77 τερματίζει 3η με 46 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον α’ γύρο.
Την περίοδο 1977-78 τερματίζει 1η με 59 βαθμούς μετά την τελευταία ιστορική νίκη επί του Μακεδονικού στη Νέα Ευκαρπία με 1-4, μπροστά σε χιλιάδες Λαρισαίους εκδρομείς. Η ‘Λάρισα, επιστρέφει θριαμβευτικά στη ‘μεγάλη, κατηγορία για να ‘μείνει, αυτή τη φορά…Στο κύπελλο αποκλείεται στο γ’ γύρο.
Την περίοδο 1978-79 με την επιστροφή της στην Α’ εθνική, τερματίζει 12η με 29 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον πρώτο γύρο.
Την περίοδο 1979-80 τερματίζει στην 8η θέση με 34 βαθμούς. Στο κύπελλο, για πρώτη φορά φτάνει μέχρι τα προημιτελικά του θεσμού όπου αποκλείεται από την Καστοριά.
Την περίοδο 1980-81 τερματίζει στην 6η θέση με 37 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον α’ γύρο.
Την περίοδο 1981-82 τερματίζει στην 10η θέση με 31 βαθμούς. Στο κύπελλο, για πρώτη φορά στην ιστορία της φτάνει μέχρι τον τελικό του θεσμού. Στις 19/6/1982 στο γήπεδο της Νέας Φιλαδέλφειας αντιμετωπίζει τον Παναθηναϊκό με τη συμπαράσταση 5000 οπαδών της και τελικά χάνει με 1-0, στέλνοντας όμως το μήνυμα για όλα αυτά που έμελλε να ακολουθήσουν.
Την περίοδο 1982-83 καθιερώνεται η μεγάλη Α.Ε.Λ. σε ολόκληρη τη φίλαθλη Ελλάδα. Τερματίζει 2η με 45 βαθμούς και εξασφαλίζει για πρώτη φορά στην ιστορία της την έξοδό της στην Ευρώπη με τη συμμετοχή της στο κύπελλο UEFA. Στο κύπελλο όμως αποκλείεται άδοξα από τον α’ γύρο.
Την περίοδο 1983-84 τερματίζει στην 6η θέση με 32 βαθμούς. Στην πρώτη της συμμετοχή στο κύπελλο UEFA, αποκλείεται από την ουγγρική Χόνβεντ ( 2-0 στο Αλκαζάρ με γκολ των Μαλουμίδη και Κμίετσικ, ήττα με 3-0 στην Ουγγαρία στην παράταση του αγώνα). Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει για δεύτερη φορά στην ιστορία της μέχρι τον τελικό όπου βρίσκει ξανά αντιμέτωπο τον Παναθηναϊκό στις 6/6/1984 στο ΟΑΚΑ. Χάνει καθαρά με 2-0 μετά από μέτρια εμφάνιση, εξασφαλίζει όμως ξανά την έξοδό της στην Ευρώπη με τη συμμετοχή της στο κύπελλο κυπελλούχων.
Την περίοδο 1984-85 τερματίζει στην 6η θέση με 35 βαθμούς. Η πορεία της όμως στο κύπελλο κυπελλούχων κάνει όλο το φίλαθλο κόσμο να παραμιλά. Στον α’ γύρο αφήνει εκτός θεσμού την ουγγρική Σιόφοκ(1-1 στην Ουγγαρία με γκολ του Ανταμτσικ, 2-0 στο Αλκαζάρ με γκολ των Κμίετσικ και Βαλαώρα). Δεύτερο θύμα της Α.Ε.Λ. Η φημισμένη ελβετική Σερβέτ(2-1 στο Αλκαζάρ με γκολ των Άνταμτσικ και Κμίετσικ, 0-1 στην Ελβετία, μια ιστορική νίκη με γκολ του Βαλαώρα). Στα προημιτελικά του θεσμού η Α.Ε.Λ. αποκλείεται άδοξα και άτυχα από τη Δυναμό Μόσχας(0-0 στο Αλκαζάρ και ήττα με 1-0 στο στάδιο της Τιφλίδας όπου έγινε η ρεβάνς λόγω κακών καιρικών συνθηκών που επικρατούσαν στη Μόσχα). Αυτό όμως που σημαδεύει τη συγκεκριμένη περίοδο είναι η κατάκτηση του πρώτου τίτλου της μεγάλης Α.Ε.Λ. της δεκαετίας του ’80. Στις 22/6/1985 στο ΟΑΚΑ η Λάρισα, διαλύει τον πρωταθλητή εκείνης της χρονιάς ΠΑΟΚ με 4-1( 39’, 73’ Ζιώγας, 47’ Κμίετσικ, 75’ Βαλαώρας) στον τελικό του κυπέλλου και στέφεται κυπελλούχος Ελλάδας. Η θεσσαλική πρωτεύουσα φλέγεται από τους πανηγυρισμούς: είναι η πρώτη μεγάλη δικαίωση της βασίλισσας του κάμπου.
Την περίοδο 1985-86 τερματίζει στην 8η θέση με 30 βαθμούς. Στο κύπελλο αποκλείεται από τον πρώτο γύρο. Στην Τρίτη έξοδό της στην Ευρώπη, για δεύτερη φορά στο κύπελλο κυπελλούχων αντιμετωπίζει την ιταλική Σαμπτόρια, ένα από τα ευρωπαϊκά μεγαθήρια εκείνης της εποχής και αποχωρεί με αξιοπρέπεια πραγματοποιώντας δύο πολύ μεγάλες εμφανίσεις(1-1 στο Αλκαζάρ με γκολ του Μητσιμπόνα, ήττα με 1-0 στην Ιταλία).
Την περίοδο 1986-87 τερματίζει στην 9η θέση με 25 βαθμούς. Στο κύπελλο φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται από τον πολύ δυνατό τότε Ηρακλή.
Η περίοδος 1987-88 έχει σημαδέψει για πάντα την ιστορία της Α.Ε.Λ. με το μεγαλύτερο επίτευγμά της:η ομάδα πραγματοποιώντας μια ξέφρενη κούρσα που την κράτησε πρώτη από την αρχή του πρωταθλήματος μέχρι την τελευταία αγωνιστική κατακτά τον τίτλο της πρωταθλήτριας Ελλάδας, γράφοντας ιστορία στο ελληνικό ποδόσφαιρο όντας η πρώτη και μοναδική επαρχιακή ομάδα που το κατάφερε.
Την Πρωτομαγιά του 88 η Α.Ε.Λ. εξασφαλίζει μαθηματικά τον τίτλο κερδίζοντας τον Ηρακλή με 1-0 στο Αλκαζάρ με το ασύλληπτο ιστορικό γκολ του αρχηγού της Γιώργου Μητσιμπόνα. Το πέρας και της τελευταίας αγωνιστικής με το 0-0 της Α.Ε.Λ. στην Τούμπα με τον Π.Α.Ο.Κ. τη βρίσκει τελικά πρώτη με τη συνολική συγκομιδή των 43 βαθμών.
Εκείνη η ιστορική Πρωτομαγιά του 88 που έβαψε ολόκληρη τη θεσσαλική πρωτεύουσα βυσσινί με τους πανηγυρισμούς του υπέροχου κόσμου της και άλλαξε ολόκληρη την ιστορία του ελλήνικού ποδοσφαίρου άφηνε πίσω της και μια απίστευτη παρασκηνιακή ιστορία προσπάθειας κλοπής του τίτλου από την κορυφαία τότε ελληνική ομάδα. Στις 16-3-88 ανακοινώθηκε από τον αθλητικό δικαστή η απόφαση να αφαιρεθούν από την Α.Ε.Λ. 4 βαθμοί χαρακτηρίζοντάς την συνυπεύθυνη για το “ντοπάρισμα” του Τσίγκωφ (είχε βρεθεί θετικό το δείγμα των ούρων του ως προς την ουσία κοδεϊνη στον έλεγχο που έγινε μετά τον αγώνα με τον Παναθηναϊκό στις 27-12-87).
Η υποκριτική σκανδαλώδης απόφαση που αφορούσε έναν ποδοσφαιριστή με ελάχιστη συμμετοχή και προσφορά στους αγώνες της πρωταθλήτριας, ξεσήκωσε τη μεγάλη μάζα του κόσμου της που υπερασπίστηκε την ομάδα τη στιγμή που το χρειάστηκε. Οι κινητοποιήσεις του κόσμου αποκλείουν την εθνική οδό Αθήνας –Θεσσαλονίκης και τη σιδηροδρομική γραμμή. Η Ελλάδα κόβεται στα δύο και όλοι οι υγιείς έλληνες φίλαθλοι συμπαραστέκονται στον αγώνα της Α.Ε.Λ. και του κόσμου της κόντρα στο ποδοσφαιρικό κατεστημένο. Τελικά κάτω από τη μεγάλη πίεση αλλάζει το επίμαχο άρθρο 32 του ΚΑΠ στις 21/3/1988 και οι ομάδες που ποδοσφαιριστές τους βρέθηκαν ντοπαρισμένοι τιμωρούνται πια μόνο με χρηματικό πρόστιμο. Αποδίδεται δικαιοσύνη και η Α.Ε.Λ. με τους αγώνες της μέσα στα γήπεδα κατακτά τον τίτλο. Κλείνοντας την αναφορά στη χρυσή χρονιά της μεγάλης Α.Ε.Λ. της δεκαετίας του ’80 , στο θεσμό του κυπέλλου η πρωταθλήτρια φτάνει μέχρι τα ημιτελικά όπου αποκλείεται από τον Παναθηναϊκό.
Την περίοδο 1988-89 τερματίζει στην 6η θέση με 34 βαθμούς. Στο κύπελλο φτάνει μέχρι τα ημιτελικά όπου αποκλείεται από τον Πανιώνιο. Στον αγώνα για το Κύπελλο Φιλίας και Αλληλεγγύης(SUPER CUP) που γίνεται στις 24/8/1988 ανάμεσα στον πρωταθλητή και τον κυπελλούχο της προηγούμενης περιόδου, η Α.ΕΛ. χάνει από τον Παναθηναϊκό με 3-1 στο ΟΑΚΑ. Στη συμμετοχή της στο Κύπελλο Πρωταθλητριών αντιμετωπίζει άλλη μία φημισμένη ελβετική ομάδα, την Ξαμάξ, χωρίς να καταφέρει να επαναλάβει το έπος της Σερβέτ. Κερδίζει στο Αλκαζάρ με 2-1( με γκολ των Ζιώγα, Μητσιμπόνα), όμως χάνει με το ίδιο σκορ στην Ελβετία παρά την εκπληκτική της εμφάνιση και αποκλείεται τελικά άδοξα στα πέναλτυ με 3-0( το γκολ της Α.Ε.Λ. στην κανονική διάρκεια του αγώνα πέτυχε ο Βασίλης Καραπιάλης).
Την περίοδο 1989-90 τερματίζει στην 8η θέση με 34 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται από τον Απόλλωνα Αθηνών. Την περίοδο αυτή έγινε μια αποτυχημένη απόπειρα να εισαχθεί στην Ελλάδα ο αγγλικός θεσμός του League Cup. Η Α.Ε.Λ. αποκλείστηκε στον α΄γύρο από τον Άρη.
Την περίοδο 1990-91 τερματίζει στη 12η θέση με 29 βαθμούς. Για πρώτη φορά μετά από πολλά χρόνια κινδυνεύει με υποβιβασμό και τον αποφεύγει μετά από εκπληκτική πορεία στο δεύτερο γύρο. Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται από τον ΠΑΟΚ.
Την περίοδο 1991-92 τερματίζει στην 8η θέση με 31 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται μόλις από την φάση των ομίλων. Η περίοδος της παρακμής έχει αρχίσει.
Την περίοδο 1992-93 τερματίζει στην 7η θέση με 43 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου, κάνοντας μια αρκετά καλή πορεία, φτάνει μέχρι τα προημιτελικά όπου αποκλείεται άδικα και άδοξα από την ΑΕΚ.
Την περίοδο 1993-94 τερματίζει στην 10η θέση με 42 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου φτάνει ξανά ως τα προημιτελικά όπου αποκλείεται πάλι από την ΑΕΚ.
Την περίοδο 1994-95 τερματίζει στην 11η θέση με 40 βαθμούς. Η συνεχιζόμενη παρακμή προκαλεί ανησυχία στον κόσμο που αρχίζει να εγκαταλείπει την ομάδα ενώ αρχίζουν να διαφαίνονται και τα χειρότερα που θα επακολουθήσουν. Παρ’ όλα αυτά στο θεσμό του κυπέλλου πραγματοποιεί εξαιρετική πορεία φτάνοντας μέχρι τα προημιτελικά, τελικά όμως αποκλείεται από τον Εδεσσαϊκό.
Η περίοδος 1995-96 είναι μία από τις χειρότερες στην ιστορία της Α.Ε.Λ. Η ομάδα συγκεντρώνει μόλις 34 βαθμούς και τερματίζει στην 16η θέση που την οδηγεί πίσω στην Β΄ Εθνική κατηγορία. Οι νίκες « βοήθειας» 3-2 επί του Ολυμπιακού στο Αλκαζάρ και 2-3 επί του ΠΑΟΚ στην Τούμπα που δεν απέτρεψαν το μοιραίο, πίκραναν ακόμη περισσότερο τον κόσμο της που βυθίστηκε στο πένθος. Την κατολίσθηση της ομάδας και όσα επακολούθησαν μετά την πτώση της χρεώνεται σε συντριπτικό ποσοστό το παρακμιακό ιδιοκτησιακό καθεστώς της διοίκησης Παπανικολάου. Συμπληρωματικά, στο θεσμό του κυπέλλου η ομάδα αποκλείεται στον β΄γύρο.
Την περίοδο 1996-97, στο πρωτάθλημα Β΄εθνικής πια, τερματίζει στην 6η θέση με 55 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται από τα προκριματικά.
Την περίοδο 1997-98 τερματίζει στην 9η θέση του πρωταθλήματος Β΄ εθνικής με 46 βαθμούς. Στο θεσμό του κυπέλλου αποκλείεται από τον α΄γύρο.
Την περίοδο 1998-99 τερματίζει στην 8η θέση του πρωταθλήματος Β` Εθνικής με 46 Βαθμούς .Στο θεσμό του κυπέλλου προχωρά μέχρι τους 16.Μια πρωτοφανής οικονομική εκκρεμότητα του ιδιοκτήτη της εταιρίας κηλιδώνει την ιστορία της ομάδας στερώντας της το δικαίωμα να αγωνιστεί εκτός έδρας με αντίπαλο τον Παναιτωλικό.
Πριν την έναρξη της αγωνιστικής περιόδου 1999-00 η ομάδα αλλάζει χέρια περνώντας από τον Παπανικολάου στον Μπατατούδη. Το οικοδόμημα της νέας Α.Ε.Λ. ξεκινά με μεγάλες υποσχέσεις ,σεβαστό οικονομικό άνοιγμα του νέου ιδιοκτήτη αλλά και τεράστιες επιφυλάξεις .Στα μισά της περιόδου κι ενώ η Α.Ε.Λ. απέχει μόλις ένα βαθμό από την κορυφή διαδραματίζεται το σήριαλ της επιστροφής του Καραπιάλη στην Α.Ε.Λ. και καταλήγει σε φιάσκο. Από το Φεβρουάριο και μετά η ομάδα χάνει αδικαιολόγητα έδαφος και εμφανίζονται τα πρώτα δείγματα οικονομικής ασυνέπειας του νέου ιδιοκτήτη ,τα οποία σταδιακά διογκώνονται και οδηγούν σε μαζικές προσφυγές . Η ομάδα τερματίζει τελικά 6η με 55 βαθμούς ενώ στο θεσμό του κυπέλλου είχε αποκλειστεί από τα προκριματικά.
Η περίοδος 2000-01 ξεκινάει με τους χειρότερους οιωνούς .Η ομάδα καλύπτει τις ελλείψεις με λύσεις ανάγκης λόγω χαμηλού προυπολογισμού .Ο μεγαλομέτοχος φάντασμα εγκαταλείπει την ομάδα στην τύχη της ,αυτή μένει και διοικητικά ακέφαλη μετα από μαζικές παραιτήσεις και σε συνάρτηση με το πολύ άσχημο αγωνιστικό ξεκίνημα αρχίζει να αντιμετωπίζει το φάσμα ενός νέου υποβιβασμού. Ένα νέο σήριαλ αγοραπωλησίας που κρατά πάνω από 2 μήνες αναθερμαίνει τις ελπίδες για ανάκαμψη όμως τελικά καταλήγει σε φιάσκο .Η πιο μαύρη σελίδα της άλλοτε κραταιάς Α.Ε.Λ. ξετύλιγεται βασανιστικά και ρίχνει την ομάδα για πρώτη φορά στην ιστορία της στην Γ` εθνική κατηγορία καθώς η ομάδα τερματίζει τελικά στην 15η θέση με 30 βαθμούς ενώ στο θεσμό του κυπέλλου είχε αποκλειστεί από τα προκριματικά.
2001-02 Η ΑΕΛ συμμετέχει για πρώτη φορά στην ιστορία της στη Γ’ Εθνική. Τα προβλήματα δεν έπαψαν να υπάρχουν κι έτσι η ομάδα τερματίζει τελικά 7η και απογοητεύει. Στο Κύπελλο αποκλείεται από τον προκριματικό γύρο.
2002-03 Η ΑΕΛ φτάνει στο χειρότερο σημείο της ιστορίας της. Αγωνιζόμενη ξανά στη Γ’ Εθνική, ουσιαστικά ακέφαλη και χωρίς χρήματα, η Ερασιτεχνική - που ασκεί τη διοίκηση της ΠΑΕ - καλεί όσους παίχτες επιθυμούν να αγωνιστούν με τα βυσσινί χρώματα να έλθουν στην ομάδα, η οποία ξεκινά με –3 βαθμούς, αφού τιμωρείται και χάνει στα χαρτιά τον αγώνα της 1ης αγωνιστικής κόντρα στους Λύκους. Η πορεία της, όπως είναι φυσικό είναι κάκιστη και κινδυνεύει με υποβιβασμό. Στα μέσα της σεζόν ο Νίκος Σωτηρούλης αναλαμβάνει το οικονομικό βάρος και την επανίδρυση της ΠΑΕ. Η ομάδα μπαίνει σε καθεστώς ειδικής εκκαθάρισης και καταφέρνει να σωθεί την τελευταία αγωνιστική. Στο Κύπελλο αποκλείεται από τον α’ γύρο από την Ξάνθη.
2003-04 Η έναρξη της αναγέννησης της ομάδας. Το μεγαλύτερο μέρος των χρεών είναι παρελθόν, ενώ γίνονται μεταγραφές έμπειρων ποδοσφαιριστών, με στόχους πρωταθλητισμού. Μετά από έναν εξοντωτικό μαραθώνιο 38 αγωνιστικών, η ΑΕΛ τερματίζει 2η και να κερδίσει απευθείας την άνοδο στην Β’ Εθνική, έχοντας στο πλευρό της έναν υπέροχο φίλαθλο κόσμο που την ακολουθεί παντού... Στο Κύπελλο θα αποκλειστεί ξανά στον α’ γύρο από τον ΠΑΟΚ.
2004-05 H ΑΕΛ επιστρέφει στα μεγάλα σαλόνια του ελληνικού ποδοσφαίρου μετά από 9 ολόκληρα χρόνια στην πρώτη χρονιά της παρουσίας της διοίκησης του Κώστα Πηλαδάκη και με τον Γιώργο Δώνη στην τεχνική ηγεσία της ομάδας. «Σφραγίζει» την άνοδο στην Α’ Εθνική με την ισοπαλία στην Καστοριά και στέφεται πρωταθλήτρια στη φιέστα της τελευταίας αγωνιστικής στο Αλκαζάρ με αντίπαλο στην Προοδευτική (3-1). Στο Κύπελλο φτάνει μέχρι τους «8», αλλά αποκλείεται από την Ξάνθη.
2005-06 Η επιστροφή των «βυσσινί» στη μεγάλη κατηγορία συνοδεύεται από μια άκρως επιτυχημένη παρουσία. Με συγκομιδή 39 βαθμών τερματίζει στην 8η θέση και εξασφαλίζει το ευρωπαϊκό εισιτήριο για το Ιντερτότο, για πρώτη φορά μετά από 18 χρόνια. Στο Κύπελλο Ελλάδος κάνει ένα βήμα παραπάνω σε σχέση με την προηγούμενη χρονιά φτάνοντας μέχρι τους «4» της διοργάνωσης, όπου αποκλείεται με ψηλά το κεφάλι από τον Ολυμπιακό μετά από δύο πολυσυζητημένους ημιτελικούς.
2006-07 ΑΕΛ «Βασίλισσα Ξανά». Στις 5 Μαϊου του 2007 στο Πανθεσσαλικό η ΑΕΛ γράφει ξανά «χρυσή σελίδα» κατακτώντας μετά από 22 ολόκληρα χρόνια το Κύπελλο Ελλάδος. Η νίκη στον τελικό επί του Παναθηναϊκού με σκορ 2-1 χάρη σε γκολ των Γιόζεφ Κόζλεϊ και Ανρί Αντσουέ δημιουργεί ένα νέο μεγάλο σημείο αναφοράς στην πορεία της ομάδας και αποτελεί το οριστικό πιστοποιητικό ότι η ΑΕΛ επέστρεψε στην ελίτ του ελληνικού ποδοσφαίρου. Η πόλη… γκρέμισε τα τείχη της για να υποδεχτεί τους Κυπελλούχους, οι οποίοι λίγες ώρες νωρίτερα είχαν οδηγήσει την ΑΕΛ στον 3ο τίτλο της ιστορίας της. Η πομπή του θριάμβου για την αποθεωτική υποδοχή της «Βασίλισσας», με χιλιάδες Λαρισαίους να ακολουθούν την αποστολή της ομάδας από το Βόλο κι άλλους τόσους να ξεχύνονται στους δρόμους της πόλης, είχε πρώτο σταθμό το Αλκαζάρ, που άνοιξε της πύλες του για τον δεύτερο γύρο του θριάμβου των μεγάλων πρωταγωνιστών. Ακολούθησε νέα φιέστα στην Κεντρική Πλατεία της πόλης με τους ποδοσφαιριστές, το προπονητικό τιμ και τη διοίκηση να σηκώνουν ξανά το βαρύτιμο τρόπαιο παρουσία των επίσημων αρχών της πόλης μπροστά σε μια λαοθάλασσα κόσμου, σε μια γιορτή που ξύπνησε μνήμες περασμένων δεκαετιών… Στο πρωτάθλημα μετά από μια μέτρια παρουσία με πολλά άτυχα αποτελέσματα στον β’ γύρο η ΑΕΛ κινδυνεύει και τελικά μια εβδομάδα μετά τη στέψη της στο Πανθεσσαλικό εξασφαλίζει την παραμονή με την εκτός έδρας νίκη επί του Απόλλωνα Καλαμαριάς.
2007-08 Μια από τις πιο επιτυχημένες στην 44χρονη διαδρομή της ΑΕΛ στο ελληνικό ποδόσφαιρο. Μια σεζόν με έντονο άρωμα δεκαετίας του ’80. Η «Βασίλισσα» συμμετέχει στους ομίλους του UEFA βγάζοντας νοκ άουτ στους προκριματικούς την αγγλική Μπλάκμπερν, τερματίζει το πρωτάθλημα αήττητη στο Αλκαζάρ και κατακτά την 6η θέση στη Super League με την 3η καλύτερη συγκομιδή βαθμών στην ιστορία της.
2008-09 Παραμένοντας επί 13 σερί αγώνες αήττητη τερματίζει στην 5η θέση της Super League, εξασφαλίζει την είσοδό της στα πλέι οφ και την ευρωπαϊκή έξοδο (στο UEFA EUROPA LEAGUE) για 3η φορά τα τελευταία 4 χρόνια και για μόλις 3η φορά στην ιστορία της μέσω πρωταθλήματος. Είναι μια χρονιά στην οποία η ΑΕΛ – εκτός των άλλων – κατέρριψε δυο παραδόσεις κερδίζοντας στο «Καυτανζόγλειο» τον Ηρακλή για πρώτη φορά μετά από το 1982 και τον Ολυμπιακό στο «Γ. Καραϊσκάκης» μετά από 26 χρόνια.
2009-10 Η ΑΕΛ τερματίζει στην 8η θέση της Superleague με 37 βαθμούς.
2010-11 Η ΑΕΛ τερματίζει στην 15η θέση της Superleague με 25 βαθμούς, που την οδηγεί στην Football League.
2011-12 Η ΑΕΛ τερματίζει στην 10η θέση της Football League με 43 βαθμούς.
2012-2013 Η ΑΕΛ τερματίζει στην 9η θέση της Football League με 63 βαθμούς, αλλά τελικά μετά τον... εθελούσιο υποβιβασμό για να σβηστούν τα χρέη, θα αγωνιστεί στη Γ' Εθνική Ερασιτεχνική κατηγορία την σεζόν 2013-2014.
